أنشئت الإدارة العامة للشؤون المالية عام 1425 هـ وترتبط تنظيميا بوكيل الجامعة . وتعتبر الإدارة من الإدارات الرئيسية والهامة بالجامعة والتي تعنى بتنفيذ ميزانية الجامعة وفقاً لأبواب وبنود الميزانية، ووفقاً لتعليماتها، واستناداً على الأنظمة والتعليمات المتعلقة بصرف الاستحقاقات سواء لمنسوبي الجامعة أو المستفيدين من مقاولين ومتعهدين وغيرهم، كما أنها تساهم بشكل كبير بإعداد الميزانية الخاصة بالجامعة، وكذلك القيام بالأعمال التي تدخل في مجال اختصاصها التي توكل اليها من قبل الإدارة العليا بالجامعة.